Tháng 1 năm 1959, Nghị quyết Hội nghị Trung ương Đảng lần thứ 15 - Khóa II ban hành, cuộc kháng chiến chống Mỹ - ngụy chuyển từ giai đoạn đấu tranh chính trị sang giai đoạn đấu tranh chính trị kết hợp với đầu tranh vũ trang và binh địch vận, tiến hành công cuộc kháng chiến toàn dân, toàn diện theo phương châm ba mũi giáp công để giải phóng miền Nam, thống nhất đất nước.
Ở Khu V, tháng 5 năm 1960, đã hình thành Ban Tuyên huấn Khu ủy V. Lần lượt các tiểu ban và các bộ phận chuyên môn cũng ra đời.
Từ 1964, Tiểu ban Giáo dục trực thuộc Ban Tuyên huấn Khu 5 được thành lập, bao gồm đầy đủ các bộ phận: phổ thông, bổ túc, giáo dục miền núi, giáo dục đồng bằng, các trường sư phạm cấp I miền núi, cấp II đồng bằng.
Tại các Ban Tuyên huấn 9 tỉnh thuộc miền Trung Trung bộ, các Tiểu ban Giáo dục và các trường sư phạm sơ cấp, bổ túc văn hóa hệ miền núi cũng bắt đầu hoạt động. Ở các huyện có phòng giáo dục trực thuộc ban Tuyên huấn, đây là những đơn vị trực tiếp tổ chức các trường cấp I, cấp II phổ thông, đáp ứng nhu cầu học tập của trẻ em vùng giải phóng và bổ túc văn hóa cho cán bộ thoát ly.
Như vậy, ở miền Nam, tại miền Trung Trung bộ lúc đó có hai nền giáo dục song song tồn tại, đó là hệ thống giáo dục của Mỹ - ngụy tại vùng địch tạm chiếm và hệ thống giáo dục kháng chiến tại các vùng do Mặt trận dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam làm chủ. Nền giáo dục kháng chiến tại miền Nam có hai hệ phổ thông và bổ túc văn hóa; áp dụng chương trình giáo dục phổ thông 10 năm, giống như chương trình giáo dục của miền Bắc xã hội chủ nghĩa đang thực hiện.
Ngay từ những năm đầu thành lập (1963 - 1964), Tiểu ban Giáo dục Khu 5 do đồng chí Hoàng Minh Hiệu (tức Nguyễn Duy), người Quảng Nam làm Trưởng Tiểu ban. Đồng chí Nguyễn Tấn Hải, đồng chí Tuyên người Quảng Ngãi phụ trách bổ túc văn hóa; Đồng chí Đinh Bấy người dân tộc Re, Quảng Ngãi phụ trách giáo dục miền núi; đồng chí Lê Ngọc Vân, người Quảng Nam, Nguyễn Phổ Thi người Quảng Ngãi, Phan Đức Hòa người Bình Định, cô Trinh người Phú Yên phụ trách giáo dục phổ thông. Cuối năm 1965 cô Trinh chuyển vào công tác tại Đắk Lắk.
Tiểu ban Giáo dục Khu 5 có 2 trường sư phạm trực thuộc:
- Trường Sư phạm trung cấp miền Trung Trung bộ do đồng chí Tô Uyên Minh (tên thật là Trần Ất người thị xã Quảng Ngãi) làm hiệu trưởng. Các thầy Nguyễn Thời, người Quảng Ngãi dạy lịch sử và tâm lý giáo dục, thầy Nguyễn Hoài Trung người Bình Định dạy Toán Lý, cô Thanh Thanh người Quảng Ngãi dạy Hóa Sinh. Về sau thầy Nguyễn Đình Ngãi dạy Toán, thầy Hoài Trung chuyển dạy tại trường sư phạm sơ cấp miền núi, thầy Nguyễn Doãn Hào dạy Vật lý, Hóa học, thầy Đường người Hà Tĩnh dạy Sinh vật và Tâm lý giáo dục. Ba thầy bổ sung sau vào trường đều là người miền Bắc.
Trường Sư phạm Trung cấp được hình thành từ cuối năm 1964, đóng tại rừng núi xã Ba Trang, Ba Tơ, Quảng Ngãi. Trường tồn tại từ 1964 đến tháng 6 năm 1967. Vì chiến tranh ác liệt, các trường phổ thông ở vùng giải phóng đồng bằng Khu 5 không thể tồn tại, nhu cầu đào tạo giáo viên cấp II không còn nữa, trường được lệnh của Khu tạm thời giải thể. Trường đào tạo được 4 khóa với 200 giáo sinh ở các tỉnh duyên hải Trung Trung bộ: Quảng Đà, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa. Sau khi được đào tạo, giáo sinh về địa phương mở các trường cấp II vùng giải phóng.
- Trường sơ cấp miền núi do thầy Phương người Bình Định làm Hiệu trưởng, thầy Đức Hòa làm Hiệu phó, từ 1967 thầy Đức Hòa thay thầy Phương làm Hiệu trưởng. Trường đóng ở huyện Vĩnh Thạnh, Bình Định, có nhiệm vụ đào tạo giáo viên cấp I cho miền núi Khu 5. Từ 1964 đến 1966 trường đào tạo được 3 khóa, năm 1967 địch đánh phá quá ác liệt, trường chuyển ra huyện An Lão, sau đó giải thể, chuyển nhiệm vụ đào tạo sư phạm sơ cấp miền núi về các tỉnh.
Các trường sư phạm của Khu 5 đều phải đóng tại vùng rừng núi Quảng Ngãi, Bình Định vì lý do bảo đảm an toàn cho căn cứ Khu ủy 5 đóng tại rừng núi Trà My, Quảng Nam. Bởi lẽ giáo sinh là người ở các huyện thuộc vùng giải phóng lên chiến khu học rồi về lại địa phương công tác. Công tác ở môi trường đó rất nguy hiểm, dễ bị địch càn tới bắt, nguy cơ bại lộ các địa điểm ở mật khu có thể xảy ra. Vì thế hầu hết các trường, kể cả trường quân sự của Quân khu đều phải đóng ở xa căn cứ Khu ủy nhằm đảm bảo bí mật cho các cơ quan đầu não Khu 5 trong tình trạng chiến tranh.
Từ năm 1968 đến năm 1972, cuộc chiến đẩy tới đỉnh điếm ác liệt, vùng giải phóng đồng bằng bị địch lấn chiếm, đánh phá dữ dội, dân bị địch đẩy vào khu dồn, vùng giải phóng còn rất ít dân, có xã chỉ còn lại ba bốn chục gia đình trụ bám với vài trăm dân, trường ở đồng bằng không thể tồn tại. Đây là giai đoạn vùng giải phóng bị kẻ địch tàn phá xơ xác, trắng trường học, hoạt động của ngành giáo dục bị chững lại. Trong giai đoạn này hệ thống giáo dục miền núi vẫn được giữ vững, các trường nội trú bồi dưỡng cán bộ, các trường, các lớp học tổ chức tại làng, tại nóc, tại xã để dạy chữ cho con em dân tộc ít người theo chương trình phổ thông và bổ túc vẫn duy trì và phát triển trong suốt những năm kháng chiến cứu nước.
Năm 1972 trở đi Mỹ rút quân, tại chiến trường Khu 5 quân ngụy không đủ sức nống ra lấn chiếm, bom pháo bớt dần, căn cứ cách mạng ở rừng núi an toàn hơn trước, đây là thời cơ ta phát triển mạnh lực lượng, mở rộng vùng giải phóng. Sau khi Hiệp định Pari được ký kết, tương quan lực lượng nghiêng hẳn về phía cách mạng, mở ra khả năng trực tiếp đánh cho ngụy nhào. Thời cơ tổng tấn công và nổi dậy giải phóng toàn miền Nam xuất hiện, ngành giáo dục của Khu 5 có những chuyển biến mới, mạnh mẽ.
Tiểu ban Giáo dục lúc này chuyển thành Ban Giáo dục Khu 5 do đồng chí Ái, người của Khu ủy phân công qua làm Trưởng ban, đồng chí Hoàng Minh Hiệu làm Phó trưởng ban, nhân sự của ngành giáo dục Khu và các tỉnh tăng vọt, Khu ủy chủ trương mở lại các trường sư phạm trực thuộc Ban Giáo dục Khu.
Năm 1972 trường Sư phạm trung cấp Khu 5 giai đoạn 2 hình thành, thầy Đức Hòa làm Hiệu trưởng, thầy Hồ Cẩn làm Hiệu phó. Các bộ môn do các thầy Trung, Vinh, Khải, Vận, Hải... từ miền Bắc mới tăng cường vào đảm nhận. Trường vẫn chọn Ba Trang - Ba Tơ, Phổ Cường - Đức Phổ làm nơi đứng chân. Trường lấy danh nghĩa kế tục Trường Sư phạm trung cấp miền Trung Trung bộ ở giai đoạn I, vì thế gọi khóa đào tạo đầu tiên của giai đoạn này là khóa 5. Trường đứng chân tại Quảng Ngãi được 2 năm, cuối năm 1973 đầu năm 1974 chuyển ra vùng Bà Huỳnh, Bà Xá thuộc huyện Phước Sơn, Quảng Nam, sẵn sàng cho việc tiếp quản thành phố Đà Nẵng về mặt giáo dục một khi chiến dịch Tổng tấn công giải phóng toàn miền Nam thành công.
Tất cả các thầy cô ở Tiểu ban Giáo dục Khu 5 và các trường Sư phạm trực thuộc thời chống Mỹ đều có trình độ đại học sư phạm, đang công tác tại miền Bắc, theo tiếng gọi thiêng liêng của Đảng vượt Trường Sơn vào chiến trường miền Nam.
Trong nền giáo dục kháng chiến, bên cạnh các thầy giáo có nghiệp vụ chuyên môn còn có sự cống hiến của các nhân viên, cán bộ trẻ thoát ly từ đồng bằng lên chiến khu. Họ ít học hơn nhưng đầy lòng nhiệt huyết, phục vụ công tác hậu cần cho giáo dục như: nhân bản sách giáo khoa theo chương trình giáo dục miền Bắc xã hội chủ nghĩa bằng phương thức in lito cung cấp cho các tỉnh, huyện thuộc Khu 5, vượt bao hiểm nguy, gian khổ đưa các thầy đi công tác ở các tỉnh, huyện, trường học nắm tình hình thực tiễn để kịp thời cho chủ trương thích hợp xây dựng phong trào giáo dục kháng chiến; dựng lán trại, đào hầm trú ẩn, gùi gạo, cõng mắm, làm rẫy tự túc lương thực. Đành rằng trong hoàn cảnh kháng chiến mọi người đều phải tham gia công tác hậu cần, nhưng đây vẫn là lực lượng trẻ khỏe, chủ lực trong những công tác nặng nhọc, khó khăn nhất của cơ quan.
Giữa cuộc kháng chiến ác liệt, khó khăn Đảng đã có chủ trương đào tạo cán bộ cho tương lai. Ngoài việc chỉ đạo các cấp ủy Đảng tỉnh, huyện, xã chọn lựa con em các gia đình có truyền thống cách mạng đưa đi miền Bắc học tập văn hóa, chuyên môn, còn tổ chức nhiều lớp học theo chương trình bổ túc văn hóa cho lực lượng trẻ từ đồng bằng thoát ly theo cách mạng. Trong những năm 1973 - 1975 các cơ quan xung quanh Khu ủy tổ chức những lớp bổ túc văn hóa ban đêm, người có trình độ cao dạy cho người có trình độ thấp. Ban Tuyên huấn Khu 5 giao cho đồng chí Nguyễn Kim Tuấn phụ trách Nội san Tiền Phong kiêm nhiệm phụ trách tổ chức mở lớp học văn hóa cho nhân viên của các cơ quan trực thuộc Ban như Nhà in, Điện ảnh, Giáo dục, Đài minh ngữ, Văn phòng ban... Ban Giáo dục cử giáo viên là cô Hồng Thanh (quê Hải Phòng) dạy văn, anh Minh Tâm (quê Hà Tây) dạy các môn tự nhiên cho trường. Sau khi chiến tranh kết thúc, số học viên của trường bổ túc văn hóa thuộc Ban Tuyên huấn Khu V đã học hết chương trình cấp II được cho ra miền Bắc tiếp tục học tập để đào tạo cán bộ.
Cuối năm 1974 Khu có chủ trương thành lập trường đại học ở căn cứ. Trước khi có trường đại học, Ban Giáo dục Khu phải mở một trường cấp III, học sinh là những thanh niên ở đồng bằng thoát ly đã học xong trung học đệ nhất cấp hoặc đang học lở dở đệ nhị cấp theo chương trình 12 năm ở vùng địch tạm chiếm.
Ngày 29 tháng 3 năm 1975, Đà Nẵng được giải phóng, liền sau đó ta làm chủ các tỉnh Trung Trung bộ, mở ra cơ hội giải phóng hoàn toàn miền Nam vào ngày 30 tháng 4 năm 1975. Tất cả cán bộ của Ban Giáo dục Khu, tỉnh, huyện cùng học viên các trường sư phạm của Khu tiến về đồng bằng, trở thành lực lượng nòng cốt tiếp thu hệ thống giáo dục của chế độ ngụy Sài Gòn, xây dựng hệ thống giáo dục xã hội chủ nghĩa trong một đất nước hòa bình, độc lập, thống nhất.
Trong nền giáo dục kháng chiến, mỗi thầy cô giáo, mỗi cán bộ ngành giáo dục là một chiến sĩ cách mạng thực thụ. Nhiều thầy cô, nhiều nhân viên ngành giáo dục đã ngã xuống trên đường công tác, hy sinh ngay bục giảng, nhiều học sinh hy sinh giữa giờ học và rất nhiều học sinh bị bom, pháo, máy bay bắn chết trên đường đi học. Một sự kiện vô cùng đau lòng, vào một buổi chiều tháng 8 năm 1965, thầy trò trường cấp II Nguyễn Văn Trỗi thuộc vùng giải phóng huyện Tam Kỳ đang dạy và học, máy bay Mỹ đến thả bom làm chết 11 học sinh. Và tại Mân Quang, một vùng giải phóng nằm sát nách thành phố Đà Nẵng, bom Mỹ đã giết chết 15 học sinh tại trường học...
Kết thúc cuộc kháng chiến, Ban Giáo dục Khu 5 có các thầy: Nguyễn Chung, Nguyễn Hoài Trung, Nguyễn Doãn Hào và hai nhân viên Nguyễn Xuân Thắng, Nguyễn Chinh hy sinh. Theo thống kê chưa đầy đủ, riêng giáo sinh các khóa từ khóa I đến khóa IV trường Sư phạm Trung cấp miền Trung Trung bộ có 50% giáo sinh về dạy ở trường cấp II tại địa phương đã hy sinh: Quảng Ngãi có 55 giáo sinh hy sinh 23; Bình Định có 33 giáo sinh, hy sinh 15; Quảng Nam 39 giáo sinh, hy sinh 22; Quảng Đà 32 giáo sinh, hy sinh 17; Phú Yên 6 giáo sinh, hy sinh 4.
Chiến tranh đã lùi xa, bây giờ nhìn lại chúng ta khó tưởng tượng hết, khó biết hết sự hy sinh của các thầy, của những con người đã quên mình cống hiến cho nền giáo dục kháng chiến. Chúng ta có thể nói rằng trong cuộc chiến từng tồn tại một nền giáo dục mà trong đó thầy trò của họ đã trao truyền cho nhau cái chữ bằng máu và nước mắt. Đó là một nền giáo dục mà cả thầy lẫn trò đều là những chiến sĩ xung kích, những anh hùng thầm lặng. Đó là một nền giáo dục được xây đắp nên trong một thời kỳ bi tráng, đau thương nhất của dân tộc, nhưng rất đổi vinh quang.
P.T